请问如何从GEO数据库中提取reads counts的矩阵?

老师,您好,我是刚刚参加的广州班学员。课上用DESeq2做差异表达时,reads counts矩阵您已经提取好了,我们只需读取。现在我自己从GEO上面下载了数据从头做,却不知道在哪下载reads counts矩阵,或者需要如何提取得出,还希望您指点。

补充:该研究GSE118553的platform是Illumina HumanHT-12 V4.0 expression beadchip,应该有count吧?

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最佳答案 2天前

测序的才有 reads count,芯片的没有。


测序数据也只有在做差异表达的时候才需要 reads count,其他地方都用标准化之后的矩阵。

芯片的数据分析也用不上 reads count

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其它 1 个回答

李一德

谢谢,是我知识浅薄,以为Illumina的都是测序

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  • 李一德 提出于 2019-11-30 19:42

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