5 hisat2建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

我下ncbi上 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=tobacco

下载了普通烟草的genome的fasta文件和gff注释文件,把gff转为gtf后,提取剪接位点位置信息和外显子位置信息,之后用如下命令:hisat2-build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE}${FASTA_File}${BASE_NAME}

结果如图所示:

attachments-2019-11-BALbu7qV5dbeae087292d.jpg最后系统自动kill掉了建索引的进程,请问这该怎么解决?谢谢!

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2 个回答

张旭东

没有报错信息,都是正常的,如果最后显示 Killed。要么是被杀了,要么是内存太大,不够用了,也会显示 Kill的。建议在运行的过程中用 htop 监控内存。

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王莹 - 基因课管家

https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/issues/97; 这个是github上的问题,和你的一样,下面是其他人的建议。attachments-2019-12-FA6W1D7m5de77edcd8718.png

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  • 龙誉铭 提出于 2019-11-03 18:40

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