余胜
余胜

性别: 湖北 - 武汉 注册于 2019-11-01

向TA求助
25金币数
120 经验值
0个粉丝
主页被访问 30 次

最近动态

2019-11-19 09:40 回答问题

3万个基因将产生一个3万x3万的矩阵,R处理起来会很吃力。估计你是使用了一个物种的全部基因来分析,实际上大部分基因的表达不会变动,将它们纳入WGCNA分析不仅拖慢速度,而且最后得出的几个大的共表达模块全部是这些基因,意义不大。建议挑选出表达变动较大的基因,再进行WGCNA分析。以下是一种方法供参考: 现有gene_exp矩阵,行列举基因,列列举样品。先按行进行scale,得到z_score: gene_exp_zscore <- t(scale(t(gene_exp))) 接着挑选出在至

2019-11-18 21:26 回答问题

OrgDb对植物支持得不太好,很多人类有的ID种类植物的OrgDb都没有。运行下面的命令: keys <- head(keys(maize)) select(maize, keys=keys, columns=c("ALIAS")) select(maize, keys=keys, columns=c("GENENAME")) select(maize, keys=keys, columns=c("GID")) 看看是否有哪一个输出的ID与你的DE_list长得一样,比如GID的输出长得一样

2019-11-07 18:17 发表了文章

2019-11-07 15:28 回答问题

一般是用00、111去指代父、母本的基因型,然后根据vcf中子代与父母亲本基因型的关系用00,01,11去表示子代个体的基因型,得到一个mark genotype的矩阵交给作图软件去构图。但不同的作图软件对输入的格式还有额外的规定,ASmap的文档中没有对应的说明,可以写邮件向作者提问。

2019-11-07 14:24 回答问题

请进一步将问题描述清楚

2019-11-07 14:22 回答问题

在R中,调用对象一般需要具体指定该对象的名称,不能使用变量来代替,所以没有便捷的方式通过循环来实现你的目标。建议不定义XXX_vs_XXX这些对象,而是通过循环和数据读入函数,依次提取出每一类的Mapped.ID,并依次存储为list的元素。这样接下来的分析就可以通过循环来进行批量处理。