林小晶
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2019-11-02 01:29 回答问题

个人的感觉: GPL开头的平台数据是指这个芯片平台内部的转换机制,我下载GPL13158.soft是为了提取其中的芯片和基因转换名 然后expr()应该是一个geneset里已经标化好的表达量 然后pData()顾名思义,提取的是每个sample的信息 所以GPL的数据是你想要用的基因芯片搭载的平台,而不是你想要分析的具体的芯片的数据 不知道对不对……如果有错请大牛们指导……

2019-11-01 22:10 回答问题

原始count数后,转Deseq标准化,然后通过SVA包去batch #注意,DEseqdata读入的时候,要把batch和group都告诉dds,去batch只对表达量去batch,但是如果你是要看group间的差异基因,就要在一开始告诉deseq2 dds <- DESeqDataSetFromTximport(txi=txi.kallisto,sampleTable,~ batch + condition) ################method_sva###############

2019-11-01 12:27 发起提问