参加《R 语言与表达数据挖掘》、《R 语言与转录组数据分析》课程前需要做哪些准备?

一、对个人电脑有什么要求?


1. 最好有 8G  以上内存,平时使用比较流畅就行。

2. Windows、MacOS、Linux 都可以。

3. 不要使用中文的用户名,如果已经是中文,尝试新建一个用户。

二、课前需要安装哪些软件?


1. Rtools,如果你是 Windows 电脑,安装 R 前先安装 Rtools, 下载地址:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Rtools35.exe

1. R 版本大于 3.6.1,下载地址:https://cran.r-project.org/, 如果之前安装了低版本,先卸载

2. Rstudio,下载地址:https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download

3. FileZilla,下载地址:https://filezilla-project.org/download.php?type=client

4. Cytoscape,下载地址:https://cytoscape.org/

以上所有软件,都请按照在默认路径下,使用默认选项。有的人说软件不要装在C 盘,别听他们乱说,除非C盘真的没地方了。

三、需要安装哪些R软件包?


上课要用到的R 软件包有二十个左右。

来自 cran 的软件包

需要用到:BiocManager、devtools、tidyverse、gridExtra、pheatmap、survival、survminer、ggpubr、ggplot2,这些包可以使用类似下面代码来安装

install.packages('包名')


来自 bioconductor 的软件包


需要用到:affy、DESeq2、edgeR、GEOquery、clusterProfiler、limma、org.Hs.eg.db、PCAtools、EnhancedVolcano、TCGAbiolinks、biomaRt,这些包可以使用类似下面代码来安装

BiocManager::install('包名')


为了简单,我写了个批量安装的脚本,可以直接复制到 Rstudio 中运行,由于是联网安装,可能需要半小时,也可能是两个小时,都正常。


脚本路径:http://git.genek.tv:3000/zhxd2/ipak.R/src/master/ipak.R

新建一个 R Script

attachments-2019-11-LnKEKib75de0ca2f61f7c.png


将刚才的代码粘贴进去,全部选中,点 run

attachments-2019-11-SBNxCkcA5de0ca39f2ae5.png


运行结束后,会显示哪些包安装成功,哪些安装失败。

attachments-2019-11-YdJDnMYG5de0ca54e8239.png

安装失败的包记下来,上课的时候统一解决。

四、需要预习哪些课程?

预习的效果至少翻遍!报名成功后,工作人员会开通基因课 www.genek.tv 年付会员给你,登录后点击右上角 我的学习 -> 我的班级 -> 年付会员,提前预习一下课程。

1. 基因课视频:《生物信息入门之 R》

2. 基因课视频:《ggplot:绘图的艺术》


五、预习文献

1. 苹果果皮颜色研究文献, 下载地址:苹果果皮颜色2015.pdf
2. 宫颈癌研究文献,下载地址:宫颈癌2015.pdf

3. 宫颈癌研究文献2,下载地址:宫颈癌2019.pdf



  • 发表于 2019-11-29 15:40
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张旭东
张旭东

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