基因课服务器使用说明

大多数学员刚开始学习生物信息的时候是没有服务器的,为了降低入门门槛,基因课购买了一些服务器供学员使用。目前我们一共有 9 台服务器。

1.服务器配置怎么样?

输入入门级配置,常规分析够用,基因组拼接等就不够了。

编号地址CPU内存硬盘备注
gs0gs0.genek.tv24线程96G10T
gs1gs1.genek.tv24线程192G10T
gs2gs2.genek.tv24线程96G10T
gs3gs3.genek.tv24线程96G10T
gs4gs4.genek.tv32线程256G20T
gs5gs5.genek.tv32线程256G20T
gs6gs6.genek.tv32线程256G20T
gs7gs7.genek.tv32线程256G20T
gsxgsx.genek.tv24线程156G10T仅用于线下培训

2. 怎么获得服务器账号?

a) 购买线上视频《年付会员》后会赠送服务器一年的使用权,每人配额 100G 存储;

b) 参加线下培训班,也会赠送《年付会员》和服务器一年使用权;

c) 当有服务器空闲时,我们也会低价出租。


3. 常用端口

均使用默认端口,SSH(SFTP)端口为 22, Rstudio 端口为 8787


4. 公共资源

公共资源存放在 /pub 文件夹里

/pub/
├── anaconda3 # 使用 conda 安装的软件
├── software  # 手动安装的软件
├── genomes # 常用参考基因组 └── database  # 其他数据库  


5. 公共软件

5.1 conda 安装的软件

大多数软件使用 conda 自动化安装在 base 环境中,并且我们已经在系统中统一修改了环境变量,你不需要做任何操作就可以直接使用。

比如:

(base) genek@genek:~$ which bwa
/pub/anaconda3/bin/bwa


但是不宜把所有软件都按照在 base 环境中,这会是的 base 过于庞杂,所以我们又创建了几个环境。

# 查看有哪些环境
(base) genek@genek:~$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /pub/anaconda3
epi                      /pub/anaconda3/envs/epi   # 存放表观基因组学分析软件
py27                     /pub/anaconda3/envs/py27  # 存放依赖 py27 的软件
reseq                    /pub/anaconda3/envs/reseq # 存放重测序分析软件 
trans                    /pub/anaconda3/envs/trans # 存放转录组分析软件


如果你在 base 环境下找不到想要的软件,可以切换到这些环境下试试,第一次使用环境需要运行 conda init 初始化

# 初始化
$ conda init

# 切换到 reseq 环境
$ conda activate reseq

# 查看该环境下安装了哪些软件
$ conda list
# packages in environment at /pub/anaconda3/envs/reseq:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main    defaults
admixture                 1.3.0                         0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
afterimage                1.21              h1c5f9b4_1002    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
alsa-lib                  1.1.5             h516909a_1001    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
attrs                     19.3.0                     py_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
backcall                  0.1.0                      py_0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
beagle                    5.1_24Aug19.3e8               0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
binutils-meta             1.0.4                         0    https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
......

# 退出该环境
$ conda deactivate


5.2 手动安装的软件

手动安装的软件放在 /pub/software 目录下,请使用绝对路径调用,或自行添加到环境变量 PATH。


5.3 R 及软件包

R 软件是用 conda 安装的

(base) genek@genek:~$ which R
/pub/anaconda3/bin/R


6. 是否可以自己安装软件

当然。同样你可以使用 conda 安装,也可以手动安装。

6.1 使用 conda 安装

由于你使用的是管理员的 conda,如果直接 conda install,会将软件安装在 /pub/anaconda3 下,而这个目录你是没有权限的,所以你需要创建一个属于自己的环境来安装。

# 创建一个名为 test 的环境
(base)$ conda create -n test

# 切换到 test 环境
(base)$ conda activate test

# 在 test 环境下安装软件
(test)$ conda install bwa samtools

# 在 test 环境下运行软件
$ (test)$ bwa xxx

# 退出 test 环境
(test)$ conda deactivate

(base)$


6.2 手动安装

建议你在自己目录下新建一个叫 software 的文件夹,把软件安装在这里


6.3 安装 R 包

管理员没有安装的 R包,你可以自行安装。

(test) $ R
> install.packages('ggplot2')
Installing package into ‘/pub/software/R_Lib’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("ggplot2") :
  'lib = "/pub/software/R_Lib"' is not writable    # 提示没有权限安装在 /pub/software/R_Lib
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes    # 是否要安装在个人目录下,输入yes
Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/3.6’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes  # 是否要创建一个个人目录,输入 yes

7. 服务器租用

如果赠送的免费资源不够用,你可以租用基因课的服务器。数量有限,租用之前请联系张老师 QQ:651681275。确认有空闲后扫码 

  • 1人独享1500元/月2000/月该配置阿里云为 6421元/月
    10人共享200元/月300元/月每人1T存储
  • 基因课提供软件安装服务和数据迁移服务。

  • 该服务器的使用方法跟赠送的服务器完全一样。



  • 发表于 2019-11-01 18:42
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张旭东
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